Аналіз однонуклеотидних поліморфізмів у послідовностях генів Pina та Pinb диплоїдних пшениць Triticum monococcum і T. urartu - Созінова, Оксана Ігорівна; Блюм, Ярослав Борисович (Наукові записки НаУКМА. Біологія і екологія, 2024)
Пуроіндоліни (пуроіндолін а і пуроіндолін b) – низькомолекулярні білки, що визначають текстуру ендосперму зерна видів триб Triticeae та Avenae. Метою цієї роботи був аналіз однонуклеотидних поліморфізмів (SNP) кодуючих послідовностей генів Pina та Pinb диплоїдних пшениць Triticum monococcum (AmAm) і T. urartu (AA) з бази даних NCBI порівняно з референсними послідовностями сорту пшениці м’якої Chinese Spring (CS). З бази даних NCBI було відібрано 62 послідовності гена пуроіндоліну а T. monococcum (Pina-Am1), 22 послідовності Pina T. urartu (Pina-A1), 32 послідовності гена пуроіндоліну b T. monococcum (Pinb-Am1) і 13 послідовностей Pinb T. urartu (Pinb-A1). Як референсні послідовності використовували послідовності гена пуроіндоліну a (алель Pina-D1a) DQ363911.1 сорту CS та гена пуроіндоліну b (алель Pinb-D1a) DQ363913.1 CS з бази даних NCBI. Послідовності вирівнювали з використанням програми MEGA 11. Всього в загальній вибірці 84 послідовностей Pina диплоїдних пшениць ідентифіковано 34 SNP (13 синонімічних відмінностей, 21 несинонімічних, з яких 15 призводять до радикальних амінокислотних замін, 6 – до консервативних), частина з яких спостерігались у всіх послідовностях, а частина були поодинокими. Серед 45 послідовностей Pinb трапляється 36 SNP, але, на відміну від гена Pina, тут переважали синонімічні заміни (22); 7 замін призводили до радикальних амінокислотних замін та ще 7 – до консервативних. Заміни в послідовностях пуроіндолінових генів відносно генів CS можна розподілити на фіксовані в обох видів диплоїдних пшениць, ті, що фіксовані в T. urartu і за якими є поліморфізм у T. monococcum, та специфічні для кожного виду. Виявлено істотні відмінності в частотах трапляння альтернативних нуклеотидів у певних позиціях (81, 318, 322 і 384 Pina та 135 і 359 Pinb) у дикорослої пшениці T. monococcum ssp. aegilopoides і культивованої однозернянки T. monococcum ssp. monococcum.